Hotspot

rps16

LSC · 4687-5807 · 1121 bp

Back to Microula

Pi 0.0126

MarkerSeek score 54.40

Primer available yes

Label rps16

Feature Metadata

label_name: rps16
feature_type: gene
region: LSC
length_bp: 1121
variable_sites: 14
pi: 0.0126
unique_haplotype_count: 2
primer_available: yes
alignment_reliability: 0.99
markerseek_score: 54.40

Pi Curve

Haplotype Network

Species Separation

Primer Ranking

Primer ID	fwd_seq	rev_seq	fwd_gc	rev_gc	fwd_tm	rev_tm	amplicon_size	cross_species_success_rate	primer_score
rps16_p1	TCCTTAATCCTTAATTGAATTCCGT	CAACTCCATGCCGCTTCTAA	32.0	50.0	56.6	58.3	1180 bp	0.5	20.0
rps16_p2	TCCTTAATCCTTAATTGAATTCCGT	AACTCCATGCCGCTTCTAAA	32.0	45.0	56.6	57.5	1179 bp	0.5	20.0
rps16_p3	CCTTAATCCTTAATTGAATTCCGT	CAACTCCATGCCGCTTCTAA	33.3	50.0	55.2	58.3	1179 bp	0.5	20.0
rps16_p4	TTCCTTAATCCTTAATTGAATTCCGT	CAACTCCATGCCGCTTCTAA	30.8	50.0	57.2	58.3	1181 bp	0.5	20.0
rps16_p5	TCCTTAATCCTTAATTGAATTCCGT	ACTCCATGCCGCTTCTAAAT	32.0	45.0	56.6	57.3	1178 bp	0.5	20.0