Pi
0.0306
MarkerSeek score
58.00
Primer available
yes
Label
ycf1
Feature Metadata
Pi Curve
Alignment Viewer
1
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101
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201
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1001
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1701
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1801
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1901
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Salvia_officinalis_subsp GGATTTACTTTTGAAAGTTCTTTTATTATTTTTTTTATAAAAAAAATACCTCCGATAACCCATTTTTTTATTTCTTTTGAAACCTTTCGAAGTAATTTTG
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2601
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2701
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2801
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3101
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3201
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Salvia_limbata_9 AAAATCAT
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Salvia_officinalis_subsp AAAATCAT
Salvia_pachyphylla_12 AAAATCAT
Salvia_pratensis_13 AAAATCAT
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Salvia_sonomensis_15 AAAATCAT
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Haplotype Network
Species Separation
Primer Ranking
| Primer ID | fwd_seq | rev_seq | fwd_gc | rev_gc | fwd_tm | rev_tm | amplicon_size | cross_species_success_rate | primer_score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ycf1_p1 | CTATCCCAGGCCTCTGCTAT | ATGGAATCGACCATTTCGCT | 55.0 | 45.0 | 58.1 | 57.7 | 1296 bp | 0.388889 | 56.5 |
| ycf1_p2 | TATCCCAGGCCTCTGCTATC | ATGGAATCGACCATTTCGCT | 55.0 | 45.0 | 58.1 | 57.7 | 1295 bp | 0.388889 | 56.5 |
| ycf1_p3 | GCAAGTGGAATGCTATCCCA | ATGGAATCGACCATTTCGCT | 50.0 | 45.0 | 57.9 | 57.7 | 1308 bp | 0.388889 | 56.4 |
| ycf1_p4 | TCTCCCTTACCCACCCAATT | ATGGAATCGACCATTTCGCT | 50.0 | 45.0 | 57.9 | 57.7 | 1185 bp | 0.388889 | 56.3 |
| ycf1_p5 | TTCTCCCTTACCCACCCAAT | ATGGAATCGACCATTTCGCT | 50.0 | 45.0 | 57.9 | 57.7 | 1186 bp | 0.388889 | 56.3 |