Pi
0.046
MarkerSeek score
65.10
Primer available
yes
Label
rps15-ycf1
Feature Metadata
Pi Curve
Alignment Viewer
1
Salvia_aethiopis_1 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_amarissima_2 AAAAAAATGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATGTAAG
Salvia_chinensis_3 AAAAAAATGCTCCTTTTTCCTTGTCCAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAGTTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_dorrii_4 AAAAAAATGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_eremostachya_5 AAAAAAATGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_fruticosa_6 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_huberi_7 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAA-TTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_kronenburgii_8 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAA-TTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_limbata_9 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_mohavensis_10 AAAAAAAGGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_officinalis_subsp AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_pachyphylla_12 AAAAAAAGGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_pratensis_13 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_saccardiana_14 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_sonomensis_15 AAAAAAAGGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_spathacea_16 AAAAAAATGCTCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTGTATGTGGTATATACAATAATTTAATGCAAA
Salvia_verbenaca_17 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
Salvia_xanthocheila_18 AAAAAAATGCCCCTTTTTCCTTGTACAGATATGGATTTTACCGATCAGTAATAATAATGCTATTAATTTTTATGTGGTATATACAATAATTTAATCCAAA
101
Salvia_aethiopis_1 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTCGATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_amarissima_2 TAACTCCTAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTAGTACATTTTCACATGGAAGAATTTA
Salvia_chinensis_3 TAACTCCTAATTTTCTGAATTCAGACCAATCAATCAAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACGAGTGGTACATTTTCGCATCGAAAAATTTA
Salvia_dorrii_4 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_eremostachya_5 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_fruticosa_6 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTTGATTTAGATAGGAATAGAAAACGATTAGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_huberi_7 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTTGATTTAGATAGGAATAGAAAACGATTAGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_kronenburgii_8 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTTGATTTAGATAGGAATAGAAAACGATTAGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_limbata_9 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTCGATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_mohavensis_10 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_officinalis_subsp TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTTGATTTAGATAGGAATAGAAAACGATTAGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_pachyphylla_12 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_pratensis_13 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTCTATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_saccardiana_14 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTCTATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_sonomensis_15 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_spathacea_16 TAACTCCAAATTTTCTGAATTCAAACCAATCAATCGAATTTGAAATTCTATTTAGATAGGAATAGAAAACAATTGGTACATTTTCGCATCGAAGGATTTA
Salvia_verbenaca_17 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCGAATTTCAAATTCGATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
Salvia_xanthocheila_18 TAACTCTTAATTTTAGGAATTCAAACCAATTAATCCAATTTCAAATTCGATTTAGATAGGAATAGGAAATGATTGGTACATTTTCGCATCGAAGAATTTA
201
Salvia_aethiopis_1 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCACAATGGGATGTGAGACAA
Salvia_amarissima_2 GACCTAAAATTCATAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTAATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAAACAA
Salvia_chinensis_3 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTGCGAGATTTAATTGAGATATTAGTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTCGAATGAGATGTGAGATAA
Salvia_dorrii_4 GACCTAAAATCCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_eremostachya_5 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_fruticosa_6 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACTACAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_huberi_7 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACTACAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_kronenburgii_8 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACTACAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_limbata_9 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCACAATGGGATGTGAGACAA
Salvia_mohavensis_10 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_officinalis_subsp GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTAATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACTACAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_pachyphylla_12 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_pratensis_13 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCACAATGGGATGTGAGACAA
Salvia_saccardiana_14 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCACAATGGGATGTGAGACAA
Salvia_sonomensis_15 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_spathacea_16 GACCTAAAATCCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCGAGATCTAATTGAGATATTATTCAAAGTCATTTCATATTGGATACTAGAATGAGATGTGAGACAA
Salvia_verbenaca_17 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCGCAATGGGATGTGAGACAA
Salvia_xanthocheila_18 GACCTAAAATTCAGAAGTTTCTGTTAATTCATTTCTAGATCTAATTGAAATATTATTCATAGTCATTTCATATTGGACACCACAATGGGATGTGAGACAA
301
Salvia_aethiopis_1 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_amarissima_2 TAAAAGCGGATGGTCTGTATATGTGTTTACTTTGATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGATATATAGAAA
Salvia_chinensis_3 GAAAAGCGCATGATCTGTCTATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGATATATAGAAA
Salvia_dorrii_4 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_eremostachya_5 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTAGATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_fruticosa_6 GAAAAGCATGTGATCCG----------TACTTTCATATATCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_huberi_7 GAAAAGCATGTGATCTG----------TACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATA----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_kronenburgii_8 GAAAAGCATGTGATCTG----------TACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATA----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_limbata_9 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_mohavensis_10 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_officinalis_subsp GAAAAGCATGTGATCCG----------TACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_pachyphylla_12 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_pratensis_13 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_saccardiana_14 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_sonomensis_15 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_spathacea_16 GAAAAGCGCATGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAGAAATTCTATTTTCTATTCTAGGGTATATAGAAATAGGATCTAGGGTATATAGAAA
Salvia_verbenaca_17 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
Salvia_xanthocheila_18 GAAAAGCACGTGATCTGTATATTTGTTTACTTTCATATACCCTAAAAATTCTATT----------------------------TATAGGATATATAGAAA
401
Salvia_aethiopis_1 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Salvia_amarissima_2 AA-TGTATTATTCACAAAATTTCAA
Salvia_chinensis_3 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_dorrii_4 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_eremostachya_5 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_fruticosa_6 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_huberi_7 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_kronenburgii_8 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_limbata_9 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Salvia_mohavensis_10 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_officinalis_subsp AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_pachyphylla_12 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_pratensis_13 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Salvia_saccardiana_14 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Salvia_sonomensis_15 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_spathacea_16 AAGTGTATTATTCACAGAATTTCAA
Salvia_verbenaca_17 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Salvia_xanthocheila_18 AAGTGTATTATTCACAGAATTTAAA
Haplotype Network
Species Separation
Primer Ranking
| Primer ID | fwd_seq | rev_seq | fwd_gc | rev_gc | fwd_tm | rev_tm | amplicon_size | cross_species_success_rate | primer_score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rps15-ycf1_p1 | AGTCGTTGACGTTTTCCCAA | TGGGACGCAACTTTGAATCA | 45.0 | 45.0 | 58.0 | 58.0 | 1282-1319 bp | 1.0 | 89.5 |
| rps15-ycf1_p2 | TTCCCGAGTCAGTCTTCCAT | TGGGACGCAACTTTGAATCA | 50.0 | 45.0 | 58.1 | 58.0 | 1460-1497 bp | 1.0 | 88.8 |
| rps15-ycf1_p3 | AACACCATGCATTGATGGGT | TGGGACGCAACTTTGAATCA | 45.0 | 45.0 | 58.1 | 58.0 | 1541-1578 bp | 1.0 | 88.5 |
| rps15-ycf1_p4 | CGATACGACTCAACTCCAGC | TGGGACGCAACTTTGAATCA | 55.0 | 45.0 | 58.2 | 58.0 | 1800-1837 bp | 1.0 | 86.6 |
| rps15-ycf1_p5 | CGTGCTTCAAATTAACGCGT | TGGGACGCAACTTTGAATCA | 45.0 | 45.0 | 58.1 | 58.0 | 1399-1415 bp | 0.388889 | 57.1 |