Hotspot

ndhG-ndhI

SSC · 116415-116790 · 376 bp

Back to results

Pi 0.0465
MarkerSeek score 69.00
Primer available yes
Label ndhG-ndhI

Feature Metadata

Pi Curve

Alignment Viewer

                         1                                                                                                   
Salvia_aethiopis_1       TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
Salvia_amarissima_2      TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCCTTTTTTTTTTATTTTAAC--ATACTTCTTAA
Salvia_chinensis_3       TTGATTTTATCAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCCTTTTTTTTTTATTTTAACATATACATATTAA
Salvia_dorrii_4          TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC--TTTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_eremostachya_5    TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_fruticosa_6       TTGATTTTATCAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTAAC--ATACTTCTTAA
Salvia_huberi_7          TTGATTTTATCAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTAAC--ATACTTCTTAA
Salvia_kronenburgii_8    TTGATTTTATCAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTAAC--ATACTTCTTAA
Salvia_limbata_9         TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
Salvia_mohavensis_10     TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC--TTTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_officinalis_subsp TTGATTTTATCAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTAAC--ATACTTCTTAA
Salvia_pachyphylla_12    TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC--TTTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_pratensis_13      TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
Salvia_saccardiana_14    TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
Salvia_sonomensis_15     TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC--TTTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_spathacea_16      TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC--TTTTTTTTATTTTAAC--ATAATTCTTAA
Salvia_verbenaca_17      TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
Salvia_xanthocheila_18   TTGATTTTATAAAAAAAATCGAAATATTTCATGTCTTTGTTGACCTGACCAGGAAAAAAGAAGTTATCC---TTTTTTTATTTTACC--ATACTTCTTAA
                         101                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCTTTTTTTAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTGATC------
Salvia_amarissima_2      TTGAATTAAATTTCAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTCCTTTTTTTGAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_chinensis_3       TTTAATTGAATTTGAATGAATCGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTTGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_dorrii_4          TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_eremostachya_5    TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_fruticosa_6       TTGAATTTCATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGGAAATACAGGACTACTTTTTTTTAGTTTCGAAAGC----------ACTTGATCTTTCTA
Salvia_huberi_7          TTGAATTTCATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGGAAATACAGGACTACTTTTTTTTAGTTTCGAAAGC----------ACTTGATCTTTCTA
Salvia_kronenburgii_8    TTGAATTTCATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGGAAATACAGGACTACTTTTTTTTAGTTTCGAAAGC----------ACTTGATCTTTCTA
Salvia_limbata_9         TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCTTTTTTTAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTGATC------
Salvia_mohavensis_10     TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_officinalis_subsp TTGAATTTCATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGGAAATACAGGACTACTTTTTTTTAGTTTCGAAAGC----------ACTTGATCTTTCTA
Salvia_pachyphylla_12    TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_pratensis_13      TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCCTTTTTTAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTGATC------
Salvia_saccardiana_14    TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCCTTTTTTAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTGATC------
Salvia_sonomensis_15     TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_spathacea_16      TTGAATTTAATTTGAATGAATGGGGATGATTTGGATTGATGTAAATACAGGACTGCTTTTTTTTAATTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTTATCTTTATA
Salvia_verbenaca_17      TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCTTTTTTTAGTTTCGAAAGCAAAGGTTAAAACTTGATC------
Salvia_xanthocheila_18   TTGAAGTTCATTTGAATGAATGGGCATGATTTGGATTGGTGGAAATAAAGGACTACCTTTTTTTAGTTTCGAAATCAAAGGTTAAAACTTGATC------
                         201                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       -TTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_amarissima_2      TTTTAT--------ATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGACCCTCACCGACGAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGTAAAAA
Salvia_chinensis_3       TTTTATATTATTACATTATTCGAATAGAAAGTCATTTTAAATGAAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACTAACCGTTCTTCTGTATTCACCAAGCAAAAA
Salvia_dorrii_4          TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_eremostachya_5    TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_fruticosa_6       TTTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCTTTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_huberi_7          TTTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCTTTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAACAAAAA
Salvia_kronenburgii_8    TTTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCTTTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_limbata_9         -TTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_mohavensis_10     TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_officinalis_subsp TTTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCTTTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_pachyphylla_12    TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_pratensis_13      -TTTCTATCATTAGATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_saccardiana_14    -TTTCTATCATTAGATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_sonomensis_15     TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_spathacea_16      TTTTATATCATTACATTATTCGAATAGAAACTCGTTTTAAATGAAAATCAAGCCGCGAACCTCACCAACTAATCTTTCTTTTGTATTGACCAAGAAAAAA
Salvia_verbenaca_17      -TTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
Salvia_xanthocheila_18   -TTTCTATCATTACATTATTCGAATAGAAACCCATTTTAAATGGAAATCAAGCCACGACCCTCACCAACCAACCGTTCTTTTGTATTGACCAAGCAAAAA
                         301                                                                         
Salvia_aethiopis_1       CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_amarissima_2      CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATGGCAAAAGCT--TTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATTAAGAGTT
Salvia_chinensis_3       CCTGATCCCTTTAACTCCAAAAAATTTCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTATAAATGTTTTGTAAAGCGAGAGTT
Salvia_dorrii_4          CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_eremostachya_5    CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_fruticosa_6       CCTCATTCGTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGC----TTTTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_huberi_7          CCTCATTCGTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGC---TTTTTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_kronenburgii_8    CCTCATTCGTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGC----TTTTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_limbata_9         CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_mohavensis_10     CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGC--TTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_officinalis_subsp CCTCATTCGTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCT--TTTTTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_pachyphylla_12    CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_pratensis_13      CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_saccardiana_14    CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_sonomensis_15     CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_spathacea_16      CCTCATTCCTTTAACTCCAAAAAATTGCAAAAGCTTTTTTTTTTTGAATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_verbenaca_17      CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT
Salvia_xanthocheila_18   CCTCATTCGTTTAACTGCAAAAAATTGCAAAAGC------TTTTTTTATTTGTAAATGTTTTGTGAATCGAGAGTT

Haplotype Network

Species Separation

Primer Ranking

Primer ID fwd_seq rev_seq fwd_gc rev_gc fwd_tm rev_tm amplicon_size cross_species_success_rate primer_score
ndhG-ndhI_p1 AAATCGTGTATTGGTCCGGG TCGAATTTACCTCAACTCAACA 50.0 36.4 58.0 55.7 427-442 bp 1.0 57.3
ndhG-ndhI_p2 ATCGTGTATTGGTCCGGGTA TCGAATTTACCTCAACTCAACA 50.0 36.4 58.2 55.7 425-440 bp 1.0 55.8
ndhG-ndhI_p3 AAATCGTGTATTGGTCCGGG CTTCGAATTTACCTCAACTCAACA 50.0 37.5 58.0 57.5 429-444 bp 1.0 55.4
ndhG-ndhI_p4 AAATCGTGTATTGGTCCGGG TCGAATTTACCTCAACTCAACAA 50.0 34.8 58.0 56.4 427-442 bp 1.0 55.0
ndhG-ndhI_p5 AAATCGTGTATTGGTCCGGG TTCGAATTTACCTCAACTCAACA 50.0 34.8 58.0 56.4 428-443 bp 1.0 55.0

Downloads