Pi
0.0342
MarkerSeek score
70.10
Primer available
yes
Label
psaA-ycf3
Feature Metadata
Pi Curve
Alignment Viewer
1
Salvia_aethiopis_1 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_amarissima_2 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_chinensis_3 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_dorrii_4 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_eremostachya_5 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_fruticosa_6 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_huberi_7 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_kronenburgii_8 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_limbata_9 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_mohavensis_10 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_officinalis_subsp TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_pachyphylla_12 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_pratensis_13 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_saccardiana_14 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_sonomensis_15 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_spathacea_16 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATGAGTTTG
Salvia_verbenaca_17 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
Salvia_xanthocheila_18 TGAGTCCTCCTCTTTCCGGACAACACATACAAAGAGACCTGCCAACAGTCAAATAATTAGTAAACCTTTGAGAGATATTTCGATAATTAGAATTAGTTTG
101
Salvia_aethiopis_1 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_amarissima_2 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_chinensis_3 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGTAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_dorrii_4 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_eremostachya_5 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_fruticosa_6 TTTCTCTTCTAGTTTTCGATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_huberi_7 TTTCTCTTCTAGTTTTCGATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_kronenburgii_8 TTTCTCTTCTAGTTTTCGATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_limbata_9 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_mohavensis_10 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_officinalis_subsp TTTCTCTTCTAGTTTTCGATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_pachyphylla_12 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_pratensis_13 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_saccardiana_14 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_sonomensis_15 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_spathacea_16 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCATTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_verbenaca_17 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
Salvia_xanthocheila_18 TTTCTCTTCTAGTTTTCTATCTCCCGTTTATCTATTTTCTTTAGTTCTTTACTAGAGCAATTATGATCTGGAAGTTGATCCGGGGCAAGTGTTCGGATCT
201
Salvia_aethiopis_1 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_amarissima_2 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_chinensis_3 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_dorrii_4 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_eremostachya_5 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATGGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_fruticosa_6 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_huberi_7 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_kronenburgii_8 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_limbata_9 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_mohavensis_10 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_officinalis_subsp ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_pachyphylla_12 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_pratensis_13 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_saccardiana_14 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_sonomensis_15 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_spathacea_16 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAACGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_verbenaca_17 ATTATGACATAGCCGTGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
Salvia_xanthocheila_18 ATTATGACATAGCCATGAGGCGCTCAACGGACCTTTTAATCGCATAAAACCTTTTTGTAGCTTTGAATTGATGCAAAAATGATCTTTTTGTACAACCCGA
301
Salvia_aethiopis_1 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
Salvia_amarissima_2 TGCTATGAATTTATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATAAT---------------ATATATATTGAATA
Salvia_chinensis_3 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTGAATA
Salvia_dorrii_4 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_eremostachya_5 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_fruticosa_6 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAGTATAGT--ATATATATT----GAATATATTATATA
Salvia_huberi_7 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----GAATATATTATATA
Salvia_kronenburgii_8 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAGTATAGT--ATATATATT----GAATATATTATATA
Salvia_limbata_9 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
Salvia_mohavensis_10 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_officinalis_subsp TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAGTATAGT--ATATATATT----GAATATATTATATA
Salvia_pachyphylla_12 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_pratensis_13 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
Salvia_saccardiana_14 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
Salvia_sonomensis_15 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_spathacea_16 TGATATGAATTCATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCACAATATATTGAATATATATTATTGATATATATTCAATA
Salvia_verbenaca_17 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
Salvia_xanthocheila_18 TGATATGAATTAATCTATCCCAAACCACGAAAGTAGCCATTGATCATTGATAAGAAACATCAC-----AGT--ATATATATT----CAATATATTATATA
401
Salvia_aethiopis_1 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTGAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
Salvia_amarissima_2 TTGAAATAAATTTGAATAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTCAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_chinensis_3 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGATATTGAATTAAAATTGAGGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_dorrii_4 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_eremostachya_5 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_fruticosa_6 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTTAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_huberi_7 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTTAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_kronenburgii_8 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTTAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_limbata_9 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTGAAATTTAGAATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
Salvia_mohavensis_10 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_officinalis_subsp TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTTAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_pachyphylla_12 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_pratensis_13 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTGAAATTTAGGATTATTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
Salvia_saccardiana_14 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTGAAATTTAGGATTATTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
Salvia_sonomensis_15 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_spathacea_16 TTGAAATAAATTTGAAAAATTTATTTGTTAATTTTCGATATTGAATTTAAATTTAAGGTTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTAAAATT
Salvia_verbenaca_17 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTATTAATTTTAGAAATTGAATTTAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
Salvia_xanthocheila_18 TTGAAATAAATTTGAATAATTTAGTTGTTAATTTTAGAAATTGAATTGAAATTTAGGATTCTTTCTATTAGTTTTAATTGAAATTTGTTTTATTCAAATT
501
Salvia_aethiopis_1 AATAAAAAGAAAAAA----TTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_amarissima_2 AATAAAACGAAAAAGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_chinensis_3 AATAAAAAGAAAAACTCTATTTTGTACTCTATCGCTTATTTTATCCTTACAAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_dorrii_4 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAGTGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_eremostachya_5 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_fruticosa_6 AATAAAAAGAAAAAATCTATTTTGTACTCTATCCCCTATTTTATCCTTACGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_huberi_7 AATAAAAAGAAAAAATCTATTTTGTACTCTATCCCCTATTTTATCCTTACGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_kronenburgii_8 AATAAAAAGAAAAAATCTATTTTGTACTCTATCCCCTATTTTATCCTTACGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_limbata_9 AATAAAAAGAAAAAATTTGTTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_mohavensis_10 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAGTGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_officinalis_subsp AATAAAAAGAAAAAATCTATTTTGTACTCTATCCCCTATTTTATCCTTACGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_pachyphylla_12 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAGTGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_pratensis_13 ACTAAAAAGAAAAAACAAATTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATAAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_saccardiana_14 ACTAAAAAGAAAAAACAAATTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATAAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_sonomensis_15 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAGTGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_spathacea_16 AATAAAAAGAAAATGTCTATTTTGTACTCTATCTCTTATTTTATCCTTACGAAATATCAGACCAAATAGAGTGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_verbenaca_17 AATAAAAAGAAAAAA----TTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTCTTT
Salvia_xanthocheila_18 AATAAAAAGAAAAAA----TTTTGTACTCTATCCCTTATTTTATCCTTATGAAATATCAGATCAAATAGAATGTTTAGAAGGGATATAATGAAATTTTTT
601
Salvia_aethiopis_1 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATGACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_amarissima_2 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGGTCTATTTTAATT-----------------------------------ATATGAATTCGAAATTCATTTT
Salvia_chinensis_3 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCCATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_dorrii_4 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_eremostachya_5 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_fruticosa_6 GATCAGCTCTTTCC-----ACGGAGGAACGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_huberi_7 GATCAGCTCTTTCC-----ACGGAGGAACGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_kronenburgii_8 GATCAGCTCTTTCC-----ACGGAGGAACGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_limbata_9 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_mohavensis_10 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_officinalis_subsp GATCAGCTCTTTCC-----ACGGAGGAACGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_pachyphylla_12 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_pratensis_13 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCC----------------------------------------ATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_saccardiana_14 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCC----------------------------------------ATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_sonomensis_15 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_spathacea_16 GATTGGCTCTTTCCCCAAAACAGAGGAATGATCTATTTTATTTATTTGACTGATGAGACCAAAAAACAATAACAATTAATATGAATTATAAATTCATTTT
Salvia_verbenaca_17 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
Salvia_xanthocheila_18 GATGGGCTCTTTCCACAAAACGGAGGAATGATCCATTTTATTTATTTGACGGATGAGGCCAAAAAACAATAACAATTAATATTAATTATAAATTCATTTT
701
Salvia_aethiopis_1 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTAAAAAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Salvia_amarissima_2 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAAATAAATATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTA-T---------------TTTT
Salvia_chinensis_3 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAAATAAATATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTGACTTTTATTGTTTTTTTATTTT
Salvia_dorrii_4 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_eremostachya_5 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_fruticosa_6 GATTATAACAAAAAATAATTAAATATTATAAAC--AAAATAAATAAAAGGCGCCCTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_huberi_7 GATTATAACAA--AATAATTAAATATTATAAAC--AAAATAAATAAAAGGCGCCCTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_kronenburgii_8 GAAGTTTTTAT--CTCGAATAAATATTATAAAC--AAAATAAATAAAAGGCGCCCTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_limbata_9 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTAAAAAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Salvia_mohavensis_10 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_officinalis_subsp GATTATAACAAAAAATAATTAAATATTATAAACTAAAAATAAATAAAAGGCGCCCTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_pachyphylla_12 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_pratensis_13 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTAAAAAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Salvia_saccardiana_14 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTAAAAAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Salvia_sonomensis_15 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_spathacea_16 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTATAAA------ATAAATAAAAGGCGCCTTCTTTTATT---------------TTTT
Salvia_verbenaca_17 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTA--AAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Salvia_xanthocheila_18 TATTATAACAAATAATAATTAAATATTAGAAACTAAAAAAAAAGAAAAGGCGCCCTCTTTTCTT---------------TTTT
Haplotype Network
Species Separation
Primer Ranking
| Primer ID | fwd_seq | rev_seq | fwd_gc | rev_gc | fwd_tm | rev_tm | amplicon_size | cross_species_success_rate | primer_score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| psaA-ycf3_p1 | GATCACTTAGCCACGCTTCA | TTCTGAAATTGCGGAGGCTT | 50.0 | 45.0 | 58.0 | 58.1 | 1172-1230 bp | 1.0 | 88.8 |
| psaA-ycf3_p2 | GATCACTTAGCCACGCTTCA | GCGATTCTGAAATTGCGGAG | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 57.9 | 1176-1234 bp | 1.0 | 88.7 |
| psaA-ycf3_p3 | GATCACTTAGCCACGCTTCA | ACTAAAGTCTTGAGCAGCGG | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 57.9 | 1598-1669 bp | 1.0 | 88.3 |
| psaA-ycf3_p4 | GATCACTTAGCCACGCTTCA | CTAAAGTCTTGAGCAGCGGT | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 57.9 | 1597-1668 bp | 1.0 | 88.3 |
| psaA-ycf3_p5 | GATCACTTAGCCACGCTTCA | TTGGTTGAAGATCACAGGGC | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 58.1 | 1079-1127 bp | 0.444444 | 63.1 |